Documentation
1. Prise en main
ChemToolBox est un logiciel très facile à utiliser et qui est principalement basé sur une navigation par clics. Une fois le logiciel démarré, des menus classiques (Fichier, Données, Outils, etc.) s'affichent en haut de la fenêtre de ChemToolBox mais également des icônes qui représentent les divers modules que vous pouvez consulter (Solvants, Solutions, Eléments, etc.).
Le choix du module et des données scientifiques peut donc se faire soit au moyen des menus classiques ou bien soit à l'aide de ces icônes.
Une fois que le module désiré est sélectionné, les diverses données qui le composent s'affichent dans la fenêtre principale. L'agencement et la présentation de ces données sont spécifiques à chaque modules. Selon le module sélectionné, il peut s'agir de plusieurs tableaux, de tables à onglets, de listes déroulantes, ou bien de schémas.
2. Modules
Voici la description détaillée des différents modules de ChemToolBox.
2.1 Solvants. Pour plus de 150 solvants usuels sont rassemblées les caractéristiques suivantes : masse molaire, masse volumique, température de fusion, température d'ébullition, indice de réfraction, numéro CAS, structure chimique, solubilité dans l'eau, non-miscibilité, miscibilité relative, RMN 1H et 13C, spectrométrie de masse, dessiccation et mélange réfrigérant.
2.2 Solutions. Ce module volumineux donne les pKa de plus de 140 couples acide/base, les équations et les potentiels d'oxydo-réduction de plus de 540 couples RedoX, les domains de virage de nombreux indicateurs colorés (acide/base et fluorescence), les constantes de solubilité de 90 sels, les constantes de formation de 160 complexes, ainsi que les longueurs d'onde d'excitation et d'émission de plusieurs centaines de fluorochromes.
2.3 Eléments. Pour tous les éléments de la classification périodique, ChemToolBox vous donne accès aux caractéristiques suivantes : photo, symbole, numéro atomique, masse atomique, nombre d'oxydation, famille, état, structure cristalline, température de fusion, température d'ébullition, densité, électronégativité, premier potentiel d'ionisation, rayons covalent/métallique/de Van der Waals, configuration électronique, isotopes radioactifs (numéro atomique, mode(s) de décomposition, temps de demi-vie).
2.4 Biochimie. ChemToolBox comprend également un module rassemblant des données ayant attrait à la Biochimie. Acides aminés naturels et synthétiques (code, formule, masse molaire, température de fusion, pKa, pKb, pKc, point isoélectrique, solubilité), bases azotées (formules, masse molaire, pKa, solubilité), carbohydrates (symbole, nom systématique), acides gras (nom systématique, formule, masse molaire, température de fusion, solubilité), SDS-PAGE (domaine de séparation, kits de standards, gels de séparation et de concantration, coloration), code génétique.
2.5 Spectroscopie.Ce module est très utile car il vous donne les déplacements chimiques en RMN 1H et 13H de plusieurs milliers de molécules organiques (d'après la littérature scientifique) regroupées par fonctions chimiques. Ce module contient également des données de spectroscopie IR sous forme de graphiques ou d'un tableau de valeurs.
2.6 Calculs. Cet indispensable module vous servira à connaitre et manipuler les unités SI et dérivées (espace/temps, mécanique, température/chaleur, electromagnétisme, physique moléculaire, radiations), les constantes (universelles, electromagnétiques, atomiques/nucléaires, physico-chimiques, mathématiques), des calculs utiles (matière, concentration, masse volumique, dilution, fracton massique/molaire, température/pression) et les conversions d'unités (longueur, surface, volume, masse, température, pression, énergie, radioactivité).
Le détail des menus de ChemToolBox est présenté dans le tableau ci-dessous.
| Fichier |
Exporter : permet d'exporter au format HTML les données contenues dans ChemToolBox. Quitter (CTRL+Q) : permet de quitter le programme ChemToolbox. |
| Données | Solvants : permet d'afficher les données du module Solvants (un deuxième sous-menu permet d'accéder directement aux caractéristiques, miscibilités, RMN, etc.). Solutions : permet d'afficher les données du module Solutions. Eléments : permet d'afficher les données du module Eléments. Biochimie : permet d'afficher les données du module Biochimie. Spectroscopie : permet d'afficher les données du module Spectroscopie (un sous-menu permet d'accéder directement aux données de RMN 1H, RMN 13C et IR). |
| Outils | Calculs : permet d'afficher les données du module Solvants (un deuxième sous-menu permet d'accéder directement aux caractéristiques, miscibilités, RMN, etc.). Bibliographie : permet d'afficher les données du module Solutions. Rechercher (CTRL+F) : permet d'afficher les données du module Eléments. Options : permet d'afficher les données du module Biochimie. |
| ? | Aide (F1) : permet d'afficher le fichier d'aide de ChemToolBox. Faire in don : donne la possibilité de faire un don pour soutenir le développement de ChemToolBox. Site Web : permet d'accéder au site web de ChemToolBox. À propos : permet d'afficher diverses informations à propos de ChemToolbox. |
4. Recherche
ChemToolBox possède une fonction de recherche de données qui est activable en cliquant sur Rechercher dans le menu Outils (ou en appuyant sur CTRL+F). La barre de recherche apparaît alors en bas de la fenêtre de ChemToolBox.
Cette fonction n'est disponible que lorsque le volume de données affiché est important. Le tableau ci-dessous indique la disponibilité de la fonction Recherche en fonction du module sélectionné.
| Solvants | Caractéristiques des solvants Spectroscopie de masse (e/m, intensité) |
| Solutions | Non disponible |
| Eléments | Eléments |
| Biochimie | Non disponible |
| Spectroscopie | Non disponible |
| Calculs | Non disponible |
5. Exportation des données
ChemToolBox possède une fonction d'exportation de données. Cette fonction permet d'exporter en format HTML les diverses données contenues dans ChemToolBox.
Pour ce faire, sélectionner le module (Solvants, Solutions, Biochimie, etc.) où se trouvent les données que vous souhaitez exporter. Particularité du module Solvants, vous devez également sélectionner l'onglet contenant les données à exporter (caractéristiques, miscibilité, RMN, etc.). Ensuite cliquer sur Exporter dans le menu Fichier et indiquer l'emplacement où vous désirer que le fichier HTML soit créé. Cliquer sur OK pour valider l'exportation.
ChemToolBox permet d'exporter des données par défaut et des données optionnelles. La configuration de l'exportation se fait dans le menu Options.
6. Options
Les réglages de ChemToolBox peuvent être ajustés au moyen du menu Options. Pour ce faire, cliquer sur Options dans le menu Outis. Une nouvelle fenêtre s'affiche et vous donne accès aux diverses options regroupées dans plusieures sous-catégories.
6.1 Général
Ces options permettent d'intervenir sur les paramètres généraux de ChemToolBox.
| Affichage | Astuces au démarrage : permet d'afficher les astuces au démarrage de ChemToolBox. Infos-bulles : permet d'afficher les infos-bulles lors de l'utilisation de ChemToolBox. Quadrillage des tableaux : permet d'afficher les quadrillages de l'ensemble des tableaux de ChemToolBox. Module sélectionné au démarrage : permet de sélectionner un module au démarrage de ChemToolBox. Structure du solvant : permet d'afficher la structure chimique du solvant lorsque vous double-cliquer dessus (module Solvants). Photo de l'élément : permet d'afficher la photo de l'élément lorsque vous le sélectionné (module Eléments). Agrandissement de la photo de l'élément : permet d'agrandir la photo de l'élément sélectionné (module Elément). Graduation IR : permet de choisir la graduation des graphiques IR en nombre d'onde ou en longueur d'onde (module Spectroscopie). |
| Paramètres | Minimiser l'application dans le SysTray : lorsque vous minimiser la fenêtre de ChemtoolBox, cette option permet de laisser l'application active dans le SysTray (barre en bas à droite sous Windows) en affichant l'icône de ChemToolbox. Activer le Ballon Tip : permet d'afficher une bulle d'information lorsque ChemToolBox est minimisé dans le SysTray. Style des menus : permet de changer le style des menus de ChemToolBox (mode Windows Vista, XP, Office 2007, etc.). |
6.2 Exportation des données
Cette sous-catégorie permet de choisir le mode d'exportation et la nature des données exportées au format HTML.
Outre le choix du mode d'affichage des fichiers HTML (niveaux de gris ou couleurs), ChemToolBox permet d'exporter des données par défaut et des données optionnelles. L'exportation des données optionnelles (signalées par un astérisque dans le tableau suivant) se fait simplement en cochant les cases associées et en cliquant sur OK pour valider le choix.
| Solvants | Caractéristiques (masse molaire, masse volumique, température d'ébullition, etc.) Structure* Miscibilités et polarités Polarités relatives* RMN 1H et 13C Drying agents Mélanges réfrigérants |
| Solutions | Couples (acide/base et RedOx) Indicateurs colorés (acide/base et fluorescence) Constante (formation des complexes et solubilité des sels) Fluorochromes* |
| Eléments | Caractéristiques des éléments Photos des élements* Isotopes radioactifs* |
| Biochimie | Biomolécules (caractéristiques des acides aminés, bases, etc.) SDS-PAGE* Code génétique* |
| Spectroscopie | IR (table) |
| Calculs | Unités SI et dérivées Constantes |
6.3 Base de données
Cette sous-catégorie permet d'accéder aux informations relatives à la base de données de ChemToolBox ainsi qu'à des paramètres relatifs à la sécurité des données.
| Informations | Emplacement de la base de données : indique le chemin d'accès où se trouve la base données de ChemToolBox. Taille du fichier : indique la taille de la base de données. Date de modification du fichier : donne la date de la dernière modification de la base de données. Ouvrir la base de données avec Microsoft Access : sous réserve de la présence de Microsoft Access, cette option permet d'ouvrir la base de données. |
| Sécurité | Faire une copie de sauvegarde de la base de données : permet de faire une copie de sauvegarde de la base de données sur votre disque dur. Restaurer la base de données d'origine : permet de restaurer la base de données d'origine. |
6.4 Statistiques
La sous-catégorie Statistiques rassemble des informations concernant l'occupation de l'espace des composantes de ChemToolBox ainsi qu'un aperçu quantitatif des données présentes dans la base de données.
| Occupation de l'espace | Dossier ChemToolBox : indique la taille du dossier complet de l'application. Application : indique la taille de l'application chemtoolbox.exe. Data : indique la taille du dossier Data qui contient l'ensemble des données. Base de données : indique la taille du fichier de la base de données. |
| Contenu de la base de données | Solvants : indique le nombre de solvants dans chacune des sous-catégories (caractéristiques, RMN, etc.). Solutions : indique le nombre de couples (acide/base, oxydo-réducteur), d'indicateurs colorés (acide/base, fluorescence), de produits de solubilité, de constantes de formation des complexes et de fluorochromes. Eléments : indique le nombre d'éléments et d'isotopes radioactifs. Biochimie : indique le nombre d'acides aminés, de carbohydrates et d'acides gras. Spectroscopie : indique le nombre de fonctions chimiques en RMN 1H et 13C ainsi que le nombre de fonctions et de liaisons en IR. Calculs : indique le nombre de constantes et d'unités. |
